深圳社保的扣款是根据员工的工资基数和社保费率来计算的。一般情况下，深圳社保的费率包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险。

首先，需要确定员工的工资基数。工资基数是指员工的月平均工资，一般在社保缴纳前12个月的工资总额中，去掉最低工资和最高工资后剩余的金额。

然后，根据工资基数和相应的社保费率来计算扣款金额。深圳社保费率根据当地规定而有所不同，以下是一个示例：

- 养老保险费率：由单位和个人共同缴纳，单位缴纳16%，个人缴纳8%。

- 医疗保险费率：由单位和个人共同缴纳，单位缴纳8%，个人缴纳2%。

- 失业保险费率：由单位缴纳，缴纳比例为0.8%。

- 工伤保险费率：由单位缴纳，缴纳比例根据行业不同而有所差异。

- 生育保险费率：由单位缴纳，缴纳比例为0.8%。

根据以上费率，我们可以计算得到每个保险项目的缴纳金额，然后将这些金额相加即可得到深圳社保的扣款总额。

需要注意的是，以上只是一个示例，实际的深圳社保费率可能会有所不同，具体以当地相关政策为准。此外，深圳社保费率可能会根据政策调整而有所变化，因此需要及时了解最新的社保政策。